Erzählt wird die Geschichte mehrerer Generationen dreier Familien und ihres Kontakts mit Außeririschen von 1947 bis in die Gegenwart. Der frühere Kampfpilot Russell Keys (Steve Burton) hat seit dem Zweiten Weltkrieg Albträume, aber keine konkrete Erinnerung an seine damalige Entführung durch Außerirdische. Im Lauf der Jahre wird er noch mehrfach entführt, ein Schicksal, das er mit seinem Sohn Jesse (James Kirk; als Erwachsener: Desmond Harrington) teilt. Sally Clarke (Catherine Dent) hat einen Sohn namens Jacob (Anton Yelchin; als Erwachsener: Chad Donella), der ein Hybrid aus Alien und Mensch ist. An diesen Familien hat der Regierungsbeamte Owen Crawford (Joel Gretsch) großes Interesse, der mit allen Mitteln herauszufinden versucht, was genau passiert ist, als 1947 in Roswell in New Mexico ein unidentifiziertes Flugobjekt abstürzte.
Crawfords Sohn Eric (Andy Powers) führt später das UFO-Projekt seines Vaters fort, unterstützt von Dr. Chet Wakeman (Matt Frewer), der eine Beziehung mit Erics Tochter Mary (Heather Donahue) beginnt. Nach dem Tod von Jesse und Jacob rücken ihre Kinder Charlie (Adam Kaufman) and Lisa (Emily Bergl) in den Mittelpunkt des Regierungsinteresses. Diese beiden bekommen ein gemeinsames Kind, Allie (Dakota Fanning), ebenfalls ein Alien-Mensch-Hybrid mit übernatürlichen Fähigkeiten. Im Alter von sieben Jahren wird sie von General Beers (James McDaniel) entführt, der nun mit dem UFO-Projekt betraut ist. Ihre Eltern versuchen alles, um sie zurückzubekommen. Aus Allies Sicht werden die Ereignisse geschildert - sie ist der Schlüssel zur Zukunft.